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Die naturkundlichen Sammlungen der Mühlhäuser Museen gehen in ihrem Grundbestand zurück bis zum 1879 gegründeten Mühlhäuser Gewerbemuseum, aus dem 1928 das Mühlhäuser Heimatmuseum hervorging. Grundstock der Bestände waren die Sammlungen des Vereins für Naturkunde, Natur- und Heimatschutz, die geowissenschaftliche Sammlung Klett, die Schmetterlingssammlungen Hobert und Schilling sowie Teile der zoologischen Sammlungen Fahlbusch. Später kamen die Fossilsammlung Schinköthe und die Schmetterlingssammlungen Lenz und Trapp hinzu. Seinem Charakter nach entspricht der Bestand dem eines naturkundlichen Regionalmuseums für Nordwestthüringen.
Seit den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts konzentriert sich die Sammlungstätigkeit im geowissenschaftlichen Bereich auf die lithologische und biostratigraphische Dokumentation nordwestthüringischer Schichtprofile sowie auf lithogenetisch, biostratinomisch und paläo-ökologisch interessantes Material der Region. Auch die Flora und Fauna und Umweltprobleme Nordwestthüringens wurden in Ausschnitten durch Sammlungstätigkeit und fotografisch dokumentiert.
Mit der Neufassung der Sammlungskonzeption der Mühlhäuser Museen im Jahre 1994 wurden die naturkundlichen Sammlungen in drei Hauptgruppen unterteilt: Geowissenschaftliche Sammlungen (Mineralogische Sammlung, Gesteinssammlung, Fossilsammlung), Zoologische Sammlungen (Land-, Süßwasser- und Meereskonchylien, Insektensammlung, Vogeleiersammlung, Vogel-sammlung, Säugetiersammlung, Geweih- und Gehörnsammlung), Botanische Sammlungen (Fruchtkörper einheimischer Ständerpilze, Sammlung von Stammquerschnitten, Sammlung von Kalloplastabdrücken von Blättern einheimischer und eingebürgerter Gehölze).
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Patzelt, Gerald: Die naturkundlichen Sammlungen des Mühlhäuser Heimatmuseums - Herkunft, Bestand, Perspektiven. In: Mühlhäuser Beiträge 7 (1984), 87-97. Mühlhausen.
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